胃癌GEO芯片结合TCGA数据差异基因筛选、功能及通路研究

目的筛选影响胃癌发生发展的相关基因和途径，探讨其发病机制。方法从基因表达数据库（GEO）筛选数据集，并使用GEO2R分析胃癌与正常组织之间的显著差异。Bio的venn被用来获得这两个数据集的共同差异基因。将胃癌两个geo芯片的共同差异表达基因数据与癌症基因组图谱（TCGA）数据库中筛选的差异表达基因进行交叉，并对核心相互作用基因进行注释、富集和筛选。Kaplan·Meier　plotter分析了核心相互作用基因的总体存活率。结果从GSE55696和GSE79973的芯片中筛选出27个具有共同差异的基因，17个与TCGA和STAD的差异表达基因交叉的基因。在胆固醇，它涉及亨利身份周期、糖代谢、胰岛素分泌和生物合成的负调节等生物过程。主要存在于分泌颗粒的胞外空间和内腔，富含金属的活性功能。涉及PPAR信号通路和TRP通道炎症介质调控等39条通路，3个基因富集PPAR信号通路，7个基因相互作用强，4个高表达基因存活曲线明显，预后差。结论核心基因SLC2A2、HMGCS2、APOA1、KNG1和PPAR信号通路可能是胃癌发生发展的关键因素。